Його батьки були людьми бідними і не могли дати йому навіть початкової освіти. З дитинства він мав пасти худобу - єдине надбання сім'ї. Любов до Бога і молитва цілком володіли душею юнака.
Часто він йшов у відокремлене місце і цілий день молився, і ні злодій, ні звір не наближалися до його стада. За наказом імператора Лева IV посли збирали по містах кращих юнаків країни на військову службу.
В імператорське військо був прийнятий Іоанікій. Він заслужив своєю доброю вдачею любов співтоваришів, але, як хоробрий воїн, був страшний для ворогів.
Прослужив святий Іоанікій в імператорському війську шість років, але військова служба обтяжувала його, душа його прагнула до подвигів і самоти. Преподобний збирався відразу піти в пустелю. Проте, за порадою досвідчених у монашому житті старців, він ще два роки прожив у монастирі.
Тут святий звикав до послухів, до чернечих статутів і правил, навчився грамоті, вивчив напам'ять тридцять псалмів Давида. Після цього преподобний віддалився в пустелю. Три роки пробув він у глибокій самоті, лише раз на місяць пастух приносив йому трохи хліба і води. День і ніч проводив подвижник у молитвах і співах псалмів.
Після кожного вірша псалмоспівця преподобний Іоанникій творив молитву, яку в дещо зміненому вигляді зберігає Православна Церква досі: "Уповання моє-Отець, охороно моя Христос, покров мій-Дух Святий". Випадково зустрівши своїх колишніх товаришів по військовій службі, святий покинув пустелю і пішов у гори. Лише через дванадцять років подвижницького життя відлюдник прийняв чернечий постриг.
Три роки після постригу провів святий у затворі, після чого вирушив до великого постника Георгія. Подвижники прожили разом три роки. За цей час преподобний Іоанікій вивчив всю Псалтир. Досягнувши глибокої старості, святий оселився в Антидієвій обителі, де і пробув до своєї смерті.
Преподобний Іоанікій врятував молоду черницю, готову покинути монастир заради заміжжя. Він взяв на себе пристрасть, яка мучила дівчину, а сам постом і молитвою знищив ворожий напад.
Святий заздалегідь дізнався день своєї смерті і помер в 846 році у віці дев’яноста чотирьох років.