Філатов працював в адміністрації президента з липня 2014 року. На посаді заступника глави адміністрації президента він відповідав за правове забезпечення виконання конституційних функцій президента України, зокрема в сфері судоустрою, розробку і впровадження судової реформи, представництво президента України в судах.
Саме він координував розробку ухвалених парламентом у 2016-2018 роках змін до Конституції України з питань правосуддя, нових процесуальних кодексів, законів про судоустрій, про Конституційний Суд, про Вищу раду правосуддя, про антикорупційний суд, нагадує агенція новин “Інтерфакс-Україна”.
У результаті реформи було сформовано на конкурсній основі новий Верховний Суд, введено кваліфікаційне оцінювання суддів для перевірки їхньої відповідності критеріям компетентності, етики та доброчесності, скасована повна недоторканність суддів.
Водночас по факту кількість штатних посад суддів в Україні за цей час суттєво зменшилась з понад 9 тисяч у березні 2016 року до 6,5 тисячі нині. Крім того, станом на квітень цього року в Україні через відсутність суддів не працювали десять судів. Критики судової реформи нарікають також на те, що внаслідок судової реформи громадські ради доброчесності не дістали належних повноважень, тож при кваліфікаційному оцінюванні суддів їхні висновки ігнорувались.
Також наприкінці квітня цього року Генеральна прокуратура України викликала для допиту та вручення повідомлень про підозру низку відомих українських політиків, чиновників та бізнесменів, зокрема Філатова. Цей виклик, за повідомленням ГПУ, пов’язаний із кримінальним провадженням стосовно бізнесмена часів президентства Януковича – Сергія Курченка, який зараз переховується у Росії.